Chirurgia spinală minim invazivă
Chirurgia spinală minim invazivă oferă pacienților oportunitatea unui tratament eficient, permițându-le o recuperare ultra rapidă și nu în ultimul rând minimizând leziunile induse chirurgical. Echipa noastră utilizează un spectru larg de tehnici minim invazive, din care enumerăm câteva: endoscopia cu variantele ei (transnazală, transtoracică, transmusculară, etc), microscopul operator, abordurile trans tubulare și nu în ultimul rând infiltrațiile la toate nivelurile coloanei vertebrale. www.neurohope.ro |
Linux si secventierea genetica
Last Updated: Oct 10 2021 18:33, Started by
stdalionutpwr
, Oct 09 2021 10:17
·
0
#1
Posted 09 October 2021 - 10:17
Am gasit un clip pe YT care arata o suita de aplicatii de analiza sub linux , se pare ca persona respectiva le ruleaza intr-un server de linux sub MAC.
[ https://www.youtube-nocookie.com/embed/2t2HtJ7Je1Q?feature=oembed - Pentru incarcare in pagina (embed) Click aici ] Intrebare le putem rula sub linux direct, personal am doar linux. La genetica informatica e grosul deoarece sunt cantitati mari de informatie care nu pot fi analizate manual. In exemplu sunt aplicatii command line care le rulezi in terminal, oare exista aplicatii din astea sub interfata grafica? Putem instala astfel de aplicatii pe distributille care le fosim acasa ? Am gasit UGENE am instalat pe Ubuntu acasa pot folosi pentru inceput. ruleaza sub intrfata grafica Edited by stdalionutpwr, 09 October 2021 - 10:27. |
#2
Posted 09 October 2021 - 10:27
era o distributie pe Debian cu chestii medicale
https://www.debian.o...vel/debian-med/ un punct de plecare... |
#3
Posted 09 October 2021 - 10:31
#4
Posted 09 October 2021 - 10:33
Am gasit o suita care am instalat - o deja. UGENE
merge in interfata grafica e suficient pentru inceput, citirea in sine a secventei DNA RNA, Proteine nu-i asa complicata, analiza lor e dificila, odata ce ai achizitionat sirul respectiv de caractere sub forma unui fisier. Edited by stdalionutpwr, 09 October 2021 - 10:36. |
#5
Posted 09 October 2021 - 13:36
Pe vremuri, lumea lua softul X (opensource) si il compila pe Linuxul instalat.
De cand cu 100 de distributii parca lumea a uitat de acest mod clasic de a instala aplicatii sub Linux si ajunge chiar sa schimbe distributia doar pentru a instala un alt program |
#6
Posted 09 October 2021 - 14:27
stdalionutpwr, on 09 octombrie 2021 - 10:33, said:
citirea in sine a secventei DNA RNA, Proteine nu-i asa complicata dani.user, on 09 octombrie 2021 - 13:36, said:
ajunge chiar sa schimbe distributia doar pentru a instala un alt program |
#7
Posted 09 October 2021 - 16:34
Am un kit de secventiere Sanger de la miniPCR bio, dar am mai facut si stiu sa fac secventiere prin electroforeza capilara, (mare viteza) nu este complicat deloc, doar ca atunci cand faci achizitia trebuie sa atribui fiecarei baze azotate A,T, C, G cate un caracter sau un cod care sa o reprezinte in fisierul care va fi generat, in principu pot fi atribuite chiar aceste caractere, dar fisierul devine prea mare daca secventiezi un cromozom intreg de exemplu, de fapt sunt doar 4 baze azotate cele enumerate mai sus, se poate face atribuirea in asa fel incat fisierul sa aiba lungimea minima.
Necazul este ca citirea nu are intotdeauna acuratetea dorita, in plus se intimpla des sa apara desincronizari in timpul achizitiei si acuratea se degradeaza, daca urmaresti clipul din primul post vei vedea care sunt problemele. Ca trasatura generala informatia primara poate contine destul de multa entropie si trebuie prelucrata ulterior. |
#8
Posted 10 October 2021 - 12:05
S-au descoperit intre timp tot felul de metode de compresie https://en.wikipedia...sequencing_data
|
#9
Posted 10 October 2021 - 12:47
Nu ma prea pricep la ele stiu doar sa achizitionez date, fiind 4 baze azotate vine doi biti le pun cate 4 intr-un cuvant de 8 biti asa vine cel mai scurt, practic am pus un contrloler care genereazacele 4 semnaturi citind cele 4 traductoare de pe tubul de electroforeza.
Am si eu o intrebare referitor la clipul de pe yt din prima postare: poate fi rulat un shell de linux intr-un terminal pe mac cum face omul de acolo? si de ce ar face asa cand exista aplicatiile respective sub linux in interfata grafica. Edited by stdalionutpwr, 10 October 2021 - 12:48. |
#11
Posted 10 October 2021 - 17:30
Shell este un interpretor de comenzi de exemplu C-shell,Tcsh, BASH(cel mai folosit) este utilizat pentru a edita si executa linia de comanda, multe permit editarea de programe.
cand eram tinar am mai folosit acum vad atit de prost incat nu e cazul, poate FISH (are autocorectare) https://www.tecmint....f-linux-shells/ Edited by stdalionutpwr, 10 October 2021 - 17:32. |
#12
Posted 10 October 2021 - 18:11
Shellurile de care zici exista o parte dinaintea Linuxului, iar majoritatea aparute dupa aparitia Linux nu sunt doar pentru Linux.
|
#13
Posted 10 October 2021 - 18:33
Poate ca ii zice shell de linux fiindca ruleaza pe linux.
Asta nu inseamna ca e ceva particular linux-ului.Sau ca a fost facut special pt linux. |
Anunturi
▶ 0 user(s) are reading this topic
0 members, 0 guests, 0 anonymous users