Jump to content

SUBIECTE NOI
« 1 / 5 »
RSS
Bitdefender Total Security ș...

casa verde 2024

Intrerupator cu N - doza doar cu ...

Incalzire casa fara gaz/lemne
 Incalzire in pardoseala etapizata

Suprataxa card energie?!

Cum era nivelul de trai cam din a...

probleme cu ochelarii
 Impozite pe proprietati de anul v...

teava rezistenta panou apa calda

Acces in Curte din Drum National

Sub mobila de bucatarie si sub fr...
 Rezultat RMN

Numar circuite IPAT si prindere t...

Pareri brgimportchina.ro - teapa ...

Lucruri inaintea vremurilor lor
 

Linux si secventierea genetica

* - - - - 2 votes
  • Please log in to reply
12 replies to this topic

#1
stdalionutpwr

stdalionutpwr

    Senior Member

  • Grup: Senior Members
  • Posts: 2,391
  • Înscris: 08.04.2020
Am gasit un clip pe YT care arata o suita de aplicatii de analiza sub linux , se pare ca persona respectiva le ruleaza intr-un server de linux sub MAC.
[ https://www.youtube-nocookie.com/embed/2t2HtJ7Je1Q?feature=oembed - Pentru incarcare in pagina (embed) Click aici ]

Intrebare le putem rula sub linux direct, personal am doar linux.

La genetica informatica e grosul  deoarece sunt cantitati mari de informatie care nu pot fi analizate manual.

In exemplu sunt aplicatii command line care le rulezi in terminal, oare exista aplicatii din astea sub interfata grafica?

Putem instala astfel de aplicatii pe distributille care le fosim acasa ?

Am gasit UGENE am instalat pe Ubuntu acasa pot folosi pentru inceput. ruleaza sub intrfata grafica

Edited by stdalionutpwr, 09 October 2021 - 10:27.


#2
odastramosilor

odastramosilor

    resemnat

  • Grup: Senior Members
  • Posts: 7,716
  • Înscris: 29.02.2004
era o distributie pe Debian cu chestii medicale

https://www.debian.o...vel/debian-med/

un punct de plecare...

#3
LensFlare

LensFlare

    Tin Foil Mask Society

  • Grup: Senior Members
  • Posts: 14,759
  • Înscris: 09.05.2005

View Poststdalionutpwr, on 09 octombrie 2021 - 10:17, said:

se pare ca persona respectiva le ruleaza intr-un server de linux sub MAC.

Ce "server de linux" vezi tu acolo? Ca eu vad doar un terminal...

Cauta aplicatiile respective si vezi in primul rand daca sunt publice si apoi daca au varianta de linux.

#4
stdalionutpwr

stdalionutpwr

    Senior Member

  • Grup: Senior Members
  • Posts: 2,391
  • Înscris: 08.04.2020
Am gasit o suita care am instalat - o deja. UGENE


merge in interfata grafica e suficient pentru inceput, citirea in sine a secventei DNA RNA, Proteine nu-i asa complicata, analiza lor e dificila, odata ce ai achizitionat sirul respectiv de caractere sub forma unui fisier.

Edited by stdalionutpwr, 09 October 2021 - 10:36.


#5
dani.user

dani.user

    Guru Member

  • Grup: Senior Members
  • Posts: 30,195
  • Înscris: 24.02.2007
Pe vremuri, lumea lua softul X (opensource) si il compila pe Linuxul instalat.

De cand cu 100 de distributii parca lumea a uitat de acest mod clasic de a instala aplicatii sub Linux si ajunge chiar sa schimbe distributia doar pentru a instala un alt program Posted Image

#6
dexterash

dexterash

    --something---

  • Grup: Senior Members
  • Posts: 22,912
  • Înscris: 19.08.2004

View Poststdalionutpwr, on 09 octombrie 2021 - 10:33, said:

citirea in sine a secventei DNA RNA, Proteine nu-i asa complicata
De unde? Detii secventializator personal sau cum?

View Postdani.user, on 09 octombrie 2021 - 13:36, said:

ajunge chiar sa schimbe distributia doar pentru a instala un alt program Posted Image
Foarte bine! Daca scopul e doar sa intalezi un program si sa castigi suma X pentru asta, nu vad care e problema ca unora le ia 2 saptamani si altora 2 minute. Perfect!

#7
stdalionutpwr

stdalionutpwr

    Senior Member

  • Grup: Senior Members
  • Posts: 2,391
  • Înscris: 08.04.2020
Am un kit de secventiere Sanger de la miniPCR bio, dar am mai facut si stiu sa fac secventiere prin electroforeza capilara, (mare viteza) nu este complicat deloc, doar ca atunci cand faci achizitia trebuie sa atribui fiecarei baze azotate A,T, C, G cate un caracter sau un cod care sa o reprezinte in fisierul care va fi generat, in principu pot fi atribuite chiar aceste caractere, dar fisierul devine prea mare daca secventiezi un cromozom intreg de exemplu, de fapt sunt doar 4 baze azotate cele enumerate mai sus, se poate face atribuirea in asa fel incat fisierul sa aiba lungimea minima.

Necazul este ca citirea nu are intotdeauna acuratetea dorita, in plus se intimpla des sa apara desincronizari in timpul achizitiei si acuratea se degradeaza, daca urmaresti clipul din primul post vei vedea care sunt problemele.

Ca trasatura generala informatia primara poate contine destul de multa entropie si trebuie prelucrata ulterior.

#8
dani.user

dani.user

    Guru Member

  • Grup: Senior Members
  • Posts: 30,195
  • Înscris: 24.02.2007
S-au descoperit intre timp tot felul de metode de compresie https://en.wikipedia...sequencing_data

#9
stdalionutpwr

stdalionutpwr

    Senior Member

  • Grup: Senior Members
  • Posts: 2,391
  • Înscris: 08.04.2020
Nu ma prea pricep la ele stiu doar sa achizitionez date, fiind 4 baze azotate vine doi biti le pun cate 4 intr-un cuvant de 8 biti asa vine cel mai scurt, practic am pus un contrloler care genereazacele 4 semnaturi citind cele 4 traductoare de pe tubul de electroforeza.

Am si eu o intrebare referitor la clipul de pe yt din prima postare: poate fi rulat un shell de linux intr-un terminal pe mac cum face omul de acolo? si de ce ar face asa cand exista aplicatiile respective sub linux in interfata grafica.

Edited by stdalionutpwr, 10 October 2021 - 12:48.


#10
dani.user

dani.user

    Guru Member

  • Grup: Senior Members
  • Posts: 30,195
  • Înscris: 24.02.2007
Ce intelegi prin shell de Linux?

#11
stdalionutpwr

stdalionutpwr

    Senior Member

  • Grup: Senior Members
  • Posts: 2,391
  • Înscris: 08.04.2020
Shell este un interpretor de comenzi de exemplu C-shell,Tcsh, BASH(cel mai folosit) este utilizat pentru a edita si executa linia de comanda, multe permit editarea de programe.
cand eram tinar am mai folosit acum vad atit de prost incat nu e cazul, poate FISH (are autocorectare)

https://www.tecmint....f-linux-shells/

Edited by stdalionutpwr, 10 October 2021 - 17:32.


#12
dani.user

dani.user

    Guru Member

  • Grup: Senior Members
  • Posts: 30,195
  • Înscris: 24.02.2007
Shellurile de care zici exista o parte dinaintea Linuxului, iar majoritatea aparute dupa aparitia Linux nu sunt doar pentru Linux.

#13
elef

elef

    Senior Member

  • Grup: Senior Members
  • Posts: 4,622
  • Înscris: 03.10.2014
Poate ca ii zice shell de linux fiindca ruleaza pe linux.
Asta nu inseamna ca e ceva particular linux-ului.Sau ca a fost facut special pt linux.

Anunturi

Chirurgia spinală minim invazivă Chirurgia spinală minim invazivă

Chirurgia spinală minim invazivă oferă pacienților oportunitatea unui tratament eficient, permițându-le o recuperare ultra rapidă și nu în ultimul rând minimizând leziunile induse chirurgical.

Echipa noastră utilizează un spectru larg de tehnici minim invazive, din care enumerăm câteva: endoscopia cu variantele ei (transnazală, transtoracică, transmusculară, etc), microscopul operator, abordurile trans tubulare și nu în ultimul rând infiltrațiile la toate nivelurile coloanei vertebrale.

www.neurohope.ro

0 user(s) are reading this topic

0 members, 0 guests, 0 anonymous users

Forumul Softpedia foloseste "cookies" pentru a imbunatati experienta utilizatorilor Accept
Pentru detalii si optiuni legate de cookies si datele personale, consultati Politica de utilizare cookies si Politica de confidentialitate