care este legatura dintre modificarile genetice si calculatoare?

am citit acum mult timp despre decodarea genomului uman cu ajutorul calculatoarelor. ce inseamna asta? cum se aplica la plante? cum se fac, asta fiind intrebarea principala, modificarile genetice la plante si care e rolul calculatoarelor?

Nu stiu ce ai citit, dar cu siguranta nu ai inteles.

Pe scurt, inchipuie-ti genomul uman (ADN) o uriasa banda magnetica, cu informatii.

Decodarea implica citirea lui, dar nu implica neaparat si intelegerea lui.

Genomul plantelor e mult mai mic si mai simplu decat al mamiferelor.

Adm, on 04 august 2017 - 11:41, said:

Nu neaparat, vezi wiki.
Plant Paris japonica (Japanese-native, pale-petal) 150,000,000,000 150Gb  Largest plant genome known[50]
Fish Protopterus aethiopicus (marbled lungfish) 130,000,000,000 130Gb  Largest vertebrate genome known
Mammal Homo sapiens 3,289,000,000 3.3Gb 20000 Homo sapiens estimated genome size 3.2 billion bp[62]

Așa este, un organism mai complex nu are neapărat genomul mai mare. Poți avea și mult "bloatware" inutil în genom.

Adm, on 04 august 2017 - 11:41, said:

sa zicem ca stim exact building blocksul unei celule. informatiile de baza. nu am putea cumva proceda ca la randarile video si sa construim virtual tot genomul unei plante? dupa care verificarea lui pe planta pentru a vedea o anumita gena ce face si daca functioneaza metoda?

PS: pai vad ca seamana cu descifrarea unei limbi vechi, din care nu avem decat cateva cuvinte. nu am putea spre exemplu sa asociem provizoriu cate un "cuvant" din limba noastra unui "cuvant" din limba aceea si sa verificam prin asocieri repetate daca obtinem "fraze coerente". totul cu simulare pe calculator.

high_energy, on 04 august 2017 - 12:20, said:

Ceva oarecum asemanator se incearca, insa nu merge la fel de repede cum vezi in filme. Mai e problema ca in cazul de fata, nu ai "limba noastra" de la care sa pornesti.

Edited by Ann0nyym0us, 04 August 2017 - 14:21.

ba o ai. cum sa nu o ai? "limba noastra" de fapt este planta in sine a caror caracteristici, dimensiuni, functii etc le aplici propriului ei genom

high_energy, on 04 august 2017 - 11:02, said:

Nu am inteles de ce ai legat modificarile genetice de plante(NEAPARAT DE PLANTE)
Nu am inteles exact de ce ai legat calculatorul neaparat de plante.
De asemenea, intrebarea nu intra in categoria "biologie" ci cel mai degraba in categoria stiinta teoretica(la prima vedere nu pare).
Genomul este secventiat si cu ajutorul algoritmilor insa.

In primul rand, exista o paralela intre codul genetic si felul in care functioneaza un program pe calculator:
-Spre exemplu, ADN-ul este vazut ca fiind format din 4 litere(A,T,C,G) de la (Adenina,Timina, Citozina si Guanina). Doar partea informationala a acestora este semnificativa pentru secventiere(si mai ales pentru interpretare/extragere informatii), nu si cea chimica. De aceea le poti spune foarte simplu, litere(iar aici se termina toata legatura cu biologia).
-Daca e sa faci o paralela cu byte-ul, aici avem un codon(3 litere consecutive) care are rolul de a spune ribozomului(procesorul) ce fel de proteina sa genereze la acest pas. Astfel, in cazul acesta avem 4^3 combinatii posibile, => putem coda 64 de proteine diferite. Desigur, nu avem la dispozitie decat vreo 20(daca nu gresesc) de proteine, iar acestea sunt reprezentate pe cate un codon. Ceea ce inseamna ca, codul genetic este degenerat.
-Pentru secventiere, avem nevoie de o masina de secventiat(spre exemplu illumina). O astfel de masina de secventiere, nu primeste ca intrare o singura molecula de ADN, ci mai multe molecule ADN identice. Acestea sunt sparte in mai multe bucati mici(ex. 100 litere), numite "reads" si sunt puse gramada. Astfel, secventierea presupune sa reasamblezi acele reads pentru a determina secventa ADN de la care ai plecat. Pare stupid, dar asa e modul in care poate opera acea masina dpdv. tehnic. Nu se poate citi litera cu litera pentru ca nu s-a depasit obstacolul tehnic pentru a realiza asa ceva. Ideal ar fi fost sa citesti litera cu litera.
-In ceea ce priveste secventierea, se fac tot felul de presupuneri simplificatoare(spre ex. codul genetic sa fie circular, neredundant etc.).
-Exista mai multe tehnici de reasamblare a acestor reads spre obtinerea codului genetic. Spre exemplu exista o matrice care contine k-meri. Acei k-meri sunt siruri de A,T,C,G de lungime k, iar cum A se lipeste de T si C se lipeste de G, se pot extrage reads-urile complementare celulei acelei matrici.
-Pentru reasamblare se folosesc elemente din teoria grafurilor. Exista mai multe modalitati: determinarea ciclului Hamiltonian(imposibil dpdv practic), determinarea ciclului eulerian(care se aplica), precum si altele.
-Secventierea nu este niciodata ceva 100% precis, dar precizia insa este extrem de buna(mai ales in ziua de astazi).

De asemenea, nu am inteles exact, de ce te-ai axat pe plante? Orice organism are ADN. Foarte multe genomuri au fost secventiate(inclusiv specii de plante, mamifere, etc.)
Bazele de date in care se tin genomurile sunt in mare parte publice, le poti accesa chiar acum(sunt.. date... nu stiu cat de interesant o sa ti se para sa te uiti la secvente de nucleotide sau proteine).

Edited by crs12decoder, 11 August 2017 - 01:04.

m-am axat pe plante pentru ca vroiam sa gasesc un mod de a modifica genetic plantele cu continut de etanol incat sa il extragi usor. etanolul fiind un gaz nepoluant care poate inlocui benzina.

anyway nu am prea inteles mare lucru din ce ai scris pentru ca intai si intai nu stiu ce e aia proteina si ribozom. si mai exact cum functioneaza cresterea tesuturilor fie animale fie plante, cum are loc producerea si transportul energiei si materiei necesare in corpul plantei/animalului/omului....sunt o groaza de chestii pe care nu le stiu.
as incerca sa gasesc pe youtube un video cu celulele explicate de la building blocks la organ.

incerc sa inteleg inumanitatea celor ce vor sa modifice armonia creatiei !

??? daca vorbim de om inteleg ce zici. insa la plante? plantele nu simt si nu le pasa. ideea e sa nu transformam natura in monstrii cu biologia si genetica ca in rest putem face cam ce vrem.

high_energy, on 12 august 2017 - 10:57, said:

Imi cer scuze, este o greseala in ce am scris mai sus. Acolo unde spuneam de "proteina" voiam sa zic "amino acid".

Deci fiecare codon dicteaza tipul de aminoacid pe care ribozomul il va introduce in sirul de aminoacizi la pasul curent.
Proteinele sunt siruri de aminoacizi. Tipurile, si ordinea in care apar aminoacizii in cadrul acestui sir(deci, in cadrul proteinei), determina tipul de proteina. Deci aminoacizii sunt "building blocks" pentru proteine. Proteinele pot avea diverse forme, iar aceste forme sunt dictate de sirurile de amino acizi care le compun.
Nu se poate determina in prealabil forma pe care o va avea o proteina, dandu-se sirul de aminoacizi(deci nu se poate crea un program pe calculator care sa spuna cum va arata o proteina, daca ii dai secventa de aminoacizi ce o formeaza). Motivul ar fi acela ca sunt prea multe forte intre proteine ce trebuiesc luate in considerare, prea multe variabile, e greu de simulat, e mult prea complicat. Cel mai simplu, este efectiv sa creezi in realitate acea secventa, si apoi sa te uiti la ea si sa vezi ce forma ia. Tesuturile, sunt in esenta, formate din proteine.

Despre conceptele: ribozom, proteina, aminoacid, ADN vei gasi informatii pe google.

In mod clar, fiecare subsecventa din ADN defineste trasaturile organismului. Rolul exact al unora din aceste subsecvente este cunoscut si exista informatii(inclusiv pe internet) cu privire la acestea. Altele insa, nu. In orice caz, doar 2% din ADN este codificator. 98% este necodificator si poarta denumirea de "junk dna". Care nu este tocmai junk, doar ca nu codifica(insa are alte roluri importante, cum ar fi reglarea).

Despre ingineria genetica nu cunosc prea multe. Ca sa-ti poti indeplini obiectivul, cel mai simplu ar fi sa te informezi daca cineva a mai facut ceea ce-ti doresti tu sa faci. Daca da, afla cum si aplica tehnica folosita de el. Daca nu, va trebui sa te documentezi cu privire la subsecventele ADN ale speciei prezentate de tine, si sa vezi daca gasesti "comentarii" care iti sunt utile in cadrul acestor subsecvente. Daca gasesti, va trebui sa gasesti/folosesti o tehnica de a modifica acea subsecventa. Lucru care este destul de dificil si costisitor. Daca in schimb nu exista informatii utile, renunta la idee. Nu ai cum sa le determini tu(exceptand cazul in care esti cercetator, ai baza logistica, si cunosti foarte bine domeniul bioingineriei/bioinformaticii).

Edited by crs12decoder, 17 August 2017 - 01:01.